不同的電網公司之間、同一家電網公司不同省級公司之間，在對國家新能源發展基金補貼的結算方式上有著不同的方式。

　　2006年可再生能源電價附加資金制度，征收標準為1厘錢/千瓦時，后來逐步提高，今年征收標準從8厘錢/千瓦時上調到1.5分/千瓦時。2009年審議通過的可再生能源法修正案草案，可再生能源電價附加并入國家可再生能源發展基金,。

　　《可再生能源發展基金征收使用管理暫行辦法》頒布實施后，電價附加的征收方式由原來電網企業的代收代管，改為由財政部定期向電網征收后上繳國庫。新能源企業所獲得的補貼被認為是中央財政補貼。而在此之前，可再生能源補貼被認為是新能源發電企業的應繳納增值稅的收入。

　　稅務總局《關于中央財政補貼增值稅有關問題的公告》(國家稅務總局【2013】第3號公告)稱，“按照現行增值稅政策，納稅人取得的中央財政補貼，不屬于增值稅應稅收入，不征收增值稅。本公告自2013年2月1日起施行。此前已發生未處理的，按本公告規定執行。”

　　納稅人取得的中央財政補貼，不屬于增值稅應稅收入其實《中華人民共和國增值稅暫行條例》已經做出規定，國家稅務總局為什么又要在2013年重申呢?

　　國家稅務總局辦公廳解釋，近年來，為促進可再生能源的開發利用，支持新能源及高效節能等產品的推廣使用，國家出臺了多項中央財政補貼。對于中央財政補貼是否屬于應稅收入，是否征收增值稅問題，基層稅務機關存在爭議，因此報來請示，請求我局予以明確。

　　國家稅務總局辦公廳認為，為便于補貼發放部門實際操作，中央財政補貼有的直接支付給予銷售方，有的先補給購買方，再由購買方轉付給銷售方。無論采取何種方式，購買者實際支付的購買價格，均為原價格扣減中央財政補貼后的金額。根據現行增值稅暫行條例規定，銷售額為納稅人銷售貨物或者應稅勞務向購買方收取的全部價款和價外費用。納稅人取得的中央財政補貼，其取得渠道是中央財政，因此不屬于增值稅應稅收入，不征收增值稅。

　　《新疆國稅局關于中央財政補貼免征增值稅有關問題的通知》稱，要重點關注可再生能源發電企業(風力發電、光伏發電、生物質發電企業)的政策執行情況，保證國家稅務總局【2013】第3號公告落實到位。

　　該通知稱，《中華人民共和國增值稅暫行條例》規定，納稅人取得的中央財政補貼，不屬于增值稅應稅收入，不征收增值稅，也不得開具增值稅專用發票。

　　但記者了解到，大多數省份未像新疆國稅局一樣就國家稅務總局【2013】第3號公告下發通知，明確中央財政補貼免增值稅，發電企業為免稅對象。而發通知明確了這兩點的新疆地區，政策也沒有得到有效落實。按照金風科技“目前正在跟各地的電網公司和國稅部門溝通，落實中央財政補貼資金免征增值稅的政策。”的說法，政策落實情況并不理想。