2013年度相對2012年度組織工作要求來說，重大儀器專項工作要求凸顯很多亮點和變化，其中主要有五點:

1、支持方向有了變化,并明確指出不予支持的儀器種類

工作要求中明確指出重點關注“科學儀器設備關鍵部件、科學儀器設備樣品前處理設備、高端電子顯微鏡、近紅外分析儀器、電子測量儀器等重大科學儀器設備”,其中科學儀器設備關鍵部件、科學儀器設備樣品前處理設備、近紅外分析儀器是2013年度新增加的支持方向。此外,工作要求還指出“一般的儀器原理和方法研究,商業化前景不明確的儀器開發工作,不屬于儀器專項范疇”,具體到儀器種類,明確表明“臨床醫療儀器、生產設備、機械裝備以及平臺建設等,不屬于儀器專項的支持方向。”

2、明確支持企業為項目承擔主體,提高對企業方的要求

2013年度工作要求明確“支持有條件的企業牽頭承擔”。但對于企業牽頭或企業承擔產業化工作的企業又有嚴格要求,如企業需在中國大陸境內注冊、企業是高新技術企業或達同等條件、項目要與企業重點發展方向相符等。

此外,工作要求還指出“牽頭承擔項目的,企業投入的自籌研發經費應不低于國撥經費;非牽頭承擔項目,但承擔產業化工作的,企業投入的自籌研發經費應不低于所獲得的國撥經費。企業投入的自籌研發經費應用于項目研發活動,而不得用于生產線、廠房等產業化能力建設。”

3、首次實施財政資助節點,力求保證支持項目的成功

工作要求中新增探索財政資助節點改革措施,明確規定“針對企業牽頭項目,先立項,項目前半段主要由承擔單位自籌經費實施,專項經費資助10%;經中期評估確認,有繼續開發意義的,后半段再主要由專項經費給予支持。”這點應該是重大儀器專項實施以來最大的變化,強調風險共擔。

4、明確項目涵蓋的內容,以及參與單位的職責

工作要求中明確每個項目應包括“儀器開發（含軟件開發）、應用開發和工程化開發等類型工作,同時,還應提出項目產業化策劃方案”,并且要求“除儀器設備開發單位外,產業化單位、應用單位也應從項目設計開始,全程參與項目的組織和實施工作。”

5、新增4個項目組織部門（地區）,并首次出現試點地區

工作要求中新增中國航天科技集團公司、中國航天科工集團公司、中國船舶重工集團公司以及中國航空工業集團公司4個組織部門,并明確天津、浙江、四川、貴州以及陜西為5個試點地區。